La Junta Directiva es el órgano colegiado superior de la UMCE, encargado de aprobar la política global de desarrollo institucional y supervisar su implementación. Posee un rol fundamental en la gobernanza y planificación estratégica, asegurando que la Universidad cumpla con su misión de formar a las y los profesionales de la educación y contribuir al desarrollo del país.

Está integrada por tres personas representantes designadas por la Presidenta de la República o el Presidente de la República; tres por el Consejo Académico entre figuras del ámbito cultural; y tres profesoras y profesores titulares o asociados electos por este mismo Consejo. También participa la Rectora o el Rector, con derecho a voz, y la Secretaria o  Secretario General como ministra o ministro de fe.

Entre sus funciones destacan aprobar el presupuesto anual, la estructura orgánica, las plantas de personal y sus modificaciones; proponer la terna para la designación del Rectora o Rector; y aprobar la creación o modificación de títulos, diplomas y grados. Todas estas decisiones buscan fortalecer el gobierno institucional.